وتسمى مكتبة المصطفى صلى الله عليه وآله وسلم وقد أوقفها الدكتور المرتضى بن زيد المحطوري ومجموعة من العلماء وهي تخدم قسم التحقيق ، وتسهم في خدمة الباحثين، و تحتوي على أكثر من خمسة وعشرين ألف عنوان في مختلف الفنون من: تفسير وحديث ومصطلح وأصول دين وفقه وأصوله وتأريخ وأدب ولغة وتراجم، وهي مجهزة بحيث يمكن للباحث أن يبحث فيها بكل سهولة وكما أن هنالك مشرف دائم للمكتبة يساعد الباحثين والدارسين في بحثهم وبها قسم المخطوطات، وتحاول المكتبة تصوير المخطوطات التي توجد في المكتبات العامة والخاصة حتى تكون في متناول الباحثين من الداخل والخارج.

وكان الغرض من إنشائها:

1- توفير الفرصة للباحثين والدارسين .

2- تعتبر مثابة دعم اقتصادي لأن الباحث بحاجة إلى مراجع ولو لم توجد مثل هذه المرافق الخيرية العامة ؛ لاحتياج كل فرد إلى مكتبة خاصة وذلك مكلف ومرهق .

3- التعويض عن مكتبتي الجامع الكبير بصنعاء واللتان أصبحتا بمثابة متحفين فقط لا يتمكن الباحث من الاستفادة منهما .